Etter at Söderström la opp som aktiv ishockeyspiller i 1997, begynte han umiddelbart å engasjere seg på trenerfronten. I perioden 1997-2003 trente han diverse lag på aldersbestemt nivå for den velkjente klubben fra hans hjemsted, Leksands IF. Han fungerte som hovedtrener i alle sesongene der, med unntak av 1998/1999-sesongen da han var assistent.
Nye utfordringer sto i vente fra sesongen 2003/2004, da han fikk jobben som med å lede Nynäshamns IF, som på spilte i Division 2 i det svenske seriesystemet. Der forble han i tre sesonger, før ferden førte han videre til Nyköpings HK. Han startet med å lede deres U20-lag i sesongen 2006/2007, før han ble assistent for seniorlaget i påfølgende sesong, for deretter å være hovedtrener i den neste.
Fredrik Söderström ble presentert som Storhamar-trener den 28. april 2017.[3] Sesongen etter ble det umiddelbart suksess da Söderström ledet laget til sitt første norgesmesterskap på ti år. I den neste sesongen ledet han laget til sølvmedalje i både serien og sluttspillet.
Hans gode prestasjoner som hockeytrener i Norge, vakte oppsikt nedover i Europa. Av den grunn gikk ferden videre til Sveits, hvor skrev han under for klubben EHC Olten i mai 2019. De spiller på nivå to, nærmere bestemt NLB.
