Han var biskop av Nha Trang1967–1975. Den 24. april1975, dvs. Én uke før den nordvietnamesiske erobring av byen, ble han utnevnt til koadjutor-erkebiskop av Saigon. Men den kommunistiske regjering ville ikke godta dette, og arresterte ham. Han ble holdt fanget uten rettssak eller dom fra 1975 til 1988, hvorav ni år var i isolasjon.
Fra sin celle lyktes han med å få smuglet ut pastorale og oppmuntrende meddelelser og bønner til sin hjord. Disea ble sammenstilt senere til bøkene The Road of Hope och Prayers of Hope.
Den 21. november1988 ble han løslatt, men fikk ikke lov til å reise til sitt erkebispedømme Ho Chi Minh-byen (tidligere Saigon) og var nødt til å residere i erkebispegården i Hanoi.
I 1991 fikk han tillatelse til å reise til Roma, men mens han var ute av landet ble han erklært persona non grata av de vietnamesiske myndigheter. Dermed måtte han forbli i Roma. I 1994 ble han formelt løst fra sitt verv som koadjutorbiskop av Ho Chi Minh-byen.
Han ble så utnevnt til visepresident for Det pavelige råd Justitia et Pax i 1994, og var etterpå president for samme pavelige råd 1998–2002. I perioden besøkte han også Norge noen ganger.
^abEncyclopædia Britannica Online, oppført som Francois Xavier Cardinal Nguyen Van Thuan, Encyclopædia Britannica Online-ID biography/Francois-Xavier-Cardinal-Nguyen-Van-Thuan, besøkt 9. oktober 2017[Hentet fra Wikidata]
