Eugen Habermann studerte ved det polytekniske instituttet i Riga fra 1902 til 1905, og fra 1906 til 1909 ved det tekniske universitetet i Dresden. Fra 1909 til 1912 arbeidet han i Dresden, 1910–11 i Liepāja og fra 1913 i Tallinn.
I 1913 ledet Habermann byggingen av konsert- og operahuset Rahvusooper Estonia. Fra 1914 til 1923 arbeidet han som Tallinns byarkitekt. I tillegg hadde han fra 1922 til 1932 en ledende stilling i tilknytning til sitt fag i det estiske innenriksdepartementet. 1922–32 var Habermann også leder for det estiske arkitektforbundet, Eesti Arhitektide Ühing.
Arkitekt i Tallinn
Eugen Habermann har etterlatt seg tallrike arkitektoniske spor rundt om i Tallinn. Mellom 1917 og 1920 hadde han stor innflytelse på utformingen av arkitekturen i byen. Sammen med Herbert Voldemar Johanson tegnet han bygget til den estiske nasjonalforsamlingen, Riigikogu. Det ble det første representative bygget til den nye estiske staten. Bygningen ble formet etter to ulike stilretninger: sen jugendstilen fra 1920-årene på yttersiden og ekspresjonismen på innsiden. Det er det eneste parlamentsbygget i verden som er formet etter ekspresjonistisk stil. I andre halvdel av 1920-årene ble Habermanns stil mer funksjonalistisk.
