I 2000 fikk han et professorat ved Universität für Musik i Wien, der han hadde undervist fra 1986.
Ottensamers kunstneriske virke var omfattende innen kammermusikk og som solist. Han grunnla flere kammermusikkensembler, blant annet Wiener Virtuosen, bestående av solister fra Wienerfilharmonikerne, Wiener Bläserensemble og Wiener Solisten Trio. Solokonserter gav han blant annet med Wiener Kammerorchester, Haydn Sinfonietta Wien, Budapest-filharmonikerne, Mozarteum Orchester Salzburg, Bruckner Orchester Linz, Tokyo Philharmonic Orchestra og New Japan Philharmonic.
Daniel og Andreas Ottensamer, som også er klarinettister, er Ernst Ottensamers sønner. De opptrådte i fellesskap som klarinettrioen The Clarinotts. Komponisten Ivan Eröd dedikerte til dem en tresatstrippelkonsert for tre klarinetter og orkester, op. 92, som ble uroppført i januar 2016 med Wienergilharmonikerne.[4]
