Den tidlige musikkutdannelsen fikk Zipoli som korgutt i katedralen i Prato. Takket være finansiell hjelp av storhertug Cosimo II de' Medici av Toscana kunne han fra 1707 studere hos organisten Giovanni Maria Casini i Firenze. Året etter ble han organist ved Santa Maria in Trastevere. I 1712 studerte han en tid under Alessandro Scarlatti i Napoli, og til slutt i Roma under Bernardo Pasquini. To av Zipolis oratorier stammer fra denne tidlige perioden: San Antonio di Padova (1712) og Santa Caterina, Virgine e martire (1714). I 1715 fikk han den prestisjefylte stillingen som organist i kirken Il Gesù i Roma. Året etter skrev han sitt mest kjente verk, Sonate d'intavolatura per organo e cimbalo (1716).
Zipoli gikk inn i jesuittordenen med ønske om å virke ved jesuittenes misjonsområde i de spanske reducciones de indios i dagens Bolivia. Han ble først sendt til Sevilla der han bodde et år. Sammen med en gruppe på 53 misjonærer forlot han Spania 5. april 1717 og ankom Buenos Aires 13. juli 1717. I årene 1717-1724 studerte han teologi og filosofi med tanke på å bli presteviet, men døde av tuberkulose før han rakk å bli ferdig, bare 37 år gammel. Ifølge tradisjonen blir urnen med asken hans oppbevart i den gamle jesuittkirken Santa Catalina i fjellene i provinsen Córdoba, men det regnes nå som en myte.
I Sør-Amerika ble Zipoli utnevnt til kapellmester, en post som omfattet oppgaver som organist, kormester og komponist.
Musikk og ettermæle
Klaviaturmusikken til Zipoli spilles fremdeles. Mye av den er tilgjengelig for begynnere og finnes i mange antologier.
Nylig ble noe av Zipolis søramerikanske kirkemusikk oppdaget i Chiquitos, Bolivia: to messer, to salmer, tre hymner, et Te Deum Laudamus og andre stykker. En messe kopiert i Potosí, Bolivia i 1784, og bevart i Sucre, Bolivia, synes å være en lokal samling basert på de to andre messene. Zipolis dramatiske musikk, deriblant to komplette oratorier og deler av en tredje, er for det meste tapt.
Tre deler av «misjonsoperaen» San Ignacio de Loyola er tilskrevet Zipoli. Operaen ble samlet av Martin Schmid i Chiquitos mange år etter Zipolis død etter at den var bevart nesten fullstendig i lokale kilder.
Zipolis musikk var høyt ansett av jesuittkollegene i flere tiår etter hans død og fikk en avgjørende innflytelse på senere komponister.
Verk
Domenico Zipoli er framfor alt kjent for sine orgel- og cembaloverk. Vokalverkene er for en stor del tapt.
R. Fioravanti, «Domenico Zipoli», La musica a Prato dal Duecento al Novecento, Firenze 1973
Francisco Curt Lange, Itinerario profesional y sentimental de Domenico Zipoli, su opera omnia, Buenos Aires, 1973
Francisco Curt Lange: «Der Fall Domenico Zipoli», Festschrift Karl Gustav Fellerer zum 70. Geburtstag, Arno-Volk-Verlag, Köln 1973
Susan Elizabeth Erickson-Bloch, The keyboard music of Domenico Zipoli, Cornell University of Michigan, 1976
Mark A. Crook: Domenico Zipoli (1688–1726): A Bibliographic Perspective, Dissertation Kent State University, April 1991
Umberto Bielli, Domenico Zipoli. Profilo di un organista pratese alla luce della sua vocazione morale e dottrinale gesuitica, Edizioni Univ. Romane, 1996
Luis Szarán, Domenico Zipoli. Un vita un enigma, Prato 2000