Selv om Den internasjonale olympiske komité (IOK) ikke ønsker å blande sammen politikk og idrett, sa USAs president Jimmy Carter at USA ville boikotte lekene i Moskva hvis ikke Sovjetunionen trakk sine styrker ut av Afghanistan innen 23. februar1980. Dette skjedde ikke, og boikotten ble gjennomført.
Seksten nasjoner som valgte å delta under lekene, markerte sympati med Afghanistan på forskjellige måter. Tretten nasjoner valgte å delta under OL-flagget i stedet for sitt eget nasjonalflagg. Tre nasjoner valgte å delta under sin nasjonale olympiske komites (NOK) flagg. Under medaljeseremonier hvor disse nasjonene vant medaljer, ble respektivt OL-flagget eller NOK-flagget heist. Dersom en av disse nasjonene vant gullmedalje, ble OL-hymnen spilt i stedet for nasjonalsangen.