Bonera startet sin karriere for Brescia Calcio, hvor han gjorde sin debut i 1999/2000 i Serie B. Etter to sesonger med Brescia, ble han innkalt til Italias landslag, og debuterte i en vennskapskamp 5. september 2001 mot Marokko. Bonera ble solgt til Parma FC i 2002/03.
Per 1. april 2007 har han spilt elleve landskamper for Italia.
28. juli 2006 gikk Daniele Bonera til AC Milan for ca. 3 millioner euro og skrev kontrakt til 2010.
Hans debut i Mesterligaen for Milan kom mot RSC Anderlecht 17. oktober 2006, der han ble utvist etter å ha fått sitt andre gule kort i det 47. minutt.
Etter kjemping om høyreback-plassen, som ikke passet ham, flyttet Bonera senere tilbake til midtforsvaret som var svekket.[trenger referanse] Bonera var i sesongen 2006–07 en av Milans beste spillere.[trenger referanse] Han fikk ikke fornyet kontrakt med Milan da kontrakten gikk ut sommeren 2015, etter flere skuffende sesonger.[trenger referanse]
Referanser
^transfermarkt.com, Transfermarkt spiller-ID 5856, besøkt 9. oktober 2017[Hentet fra Wikidata]
