Morgan er best kjent for å spille tittelrollen i TV-serien Merlin, en rolle han spilte fra 2008 til 2012. I ettertid har han spilt i filmene Testament of Youth (2014) og Legend (2015). Han hadde også små gjesteroller i The Catherine Tate Show og Doctor Who.
Morgans mor er lege, mens faren er kunstner og dekoratør.[trenger referanse] Colin Morgan gikk på high school i Tyrone, nær Armagh. Etter det ville han studere drama, men den nærmeste skolen han kunne gå på som hadde en dramalinje var i øst-delen av Belfast. Et slikt skolevalg var risikabelt på grunn av at det på den tiden var uroligheter i Nord-Irland mellom katolikker og protestanter. Skolen med dramalinjen lå i et område dominert av protestanter, og Colin Morgans hjemsted er et katolsk område. Han valgte likevel dramalinjen i Tyrone, og like etter at han var ferdig med skolegangen fikk han rollen som Merlin i BBC-serien.[trenger referanse]