Clemens von Pirquet stammet fra en gammel patrisierfamilie fra fyrstebispedømmet Liége; Peter Pirquet, kalt de Merdaga[2] var i 1818 tildelt Maria-Theresien-ordenen og familien ble opptatt i friherrestanden (predikat: von Cesenatico). Clemens von Pirquets far, Peter Zeno von Pirquet, var representant for Landeigner-Partei og spilte en betydelig rolle i det østerrikske parlament som riksråds- og landssagsrepresentant. Moren, Flora Freiin von Pereira-Arnstein, stammet fra en jødisk bankierfamilie.
Clemens' bror var den seks år yngre Guido von Pirquet, som underviste som rakettekniker ved universiteter i USA.
Han begynte å praktisere ved barneklinikken i Wien.
I 1906 observerte han at pasienter som tidligere hadde fått innsprøyting med hesteserum eller koppevaksine hadde en raskere og mer alvorlig reaksjon ved en sekundær injeksjon. Sammen med Bela Schick etablerte de begrepet allergi (fra greskallos som betyr «andre» og ergon betyr «reaksjon») for å beskrive denne hypersensitive reaksjonen.
Gabriele Dorffner: Clemens Freiherr von Pirquet. Ein begnadeter Arzt und genialer Geist. Vier-Viertel-Verlag, Wien 2004, ISBN 3-902141-10-7
Elsbeth Hoff: Das Leben und Wirken des Wiener Klinikers Clemens Freiherr von Pirquet. Nolte-Verlag, Düsseldorf 1938 (zugl. Dissertation Düsseldorf vom 20. November 1937)
Erna Lesky: Clemens von Pirquet. In: Wiener Klinische Wochenschrift. Band 67, 1955, S. 638.
Richard Wagner: Clemens von Pirquet. His life and work. Hopkins Press, Baltimore, Md. 1968
^Pirquet de Cesenatico, Freiherren. In: Ernst Heinrich Kneschke: Neues allgemeines deutsches Adels-Lexicon. Band 7: Ossa – Ryssel. Voigt, Leipzig 1867, S. 158 f., Text online.