Han ble deretter utnevnt til øverstkommanderende for de allierte styrkene i Midtøsten i juli 1941. Han erstattet general Archibald Wavell, som ble øverstkommanderende for den britiske hæren i India.
Auchinleck overtok kommandoen mens de britiske styrkene sto inne i Libya ved Al Agheila (januar 1942) men de ble tvunget på retrett tilbake til Egypt av Rommels styrker. Den tyske fremgangen ble stoppet ved El Alamein. I løpet av sin tid i Nord-Afrika slet han stort med dårlige underordnede konservative offiserer og prøvde å få infanteriet og panserstyrkene til å kjempe sammen etter tysk mønster.[trenger referanse]
På samme måte som sin forgjenger Wavell og fienden Rommel, måtte han slite med konstant innblanding fra politisk hold. Winston Churchill ville ha han til å organisere en offensiv mot Rommel. Dette nektet Auchinleck å utføre før hans styrker var klar til en slik operasjon. På grunn av dette fikk han sparken i august 1942.[trenger referanse] Han ble erstattet av Harold Alexander og som sjef for 8. armé av generalløytnant William Gott, som døde før han fikk overtatt kommandoen. Etter Gotts død ble generalløytnant Bernard Montgomery utnevnt til ny sjef. Auchinleck fikk senere mye kritikk av Montgomery og Churchill.[trenger referanse]
Churchill tilbød Auchlinleck kommandoen over de allierte styrkene i Persia og Midtøsten (som hadde blitt fjernet ifra Alexanders ansvarsområde). Men Auchinleck avslo, kanskje fordi denne stillingen var besatt av en nær venn av han Edward Quinan.[trenger referanse] I stedet dro han til India der han var «arbeidsledig» frem til 1943, da han ble øverstkommanderende for den indiske hæren. Han likte ikke lord Mountbattens politikk i India, blant annet delingen av India i Pakistan og India, og gikk av og pensjonerte seg i 1947.
Han har blitt beskrevet som en jordnær general.[trenger referanse] Han mislikte stort pomp og prakt.[trenger referanse] Han var også populær hos sine soldater og respektert av sine fiender.[trenger referanse] Rommel anså Auchinleck som en av de største generalene under andre verdenskrig.[trenger referanse]
