Bacca begynte sin profesjonelle karriere som fotballspiller for klubben Atlético Junior i 2007, hvor han ikke fikk mange sjanser til å spille. Bacca ble utlånt til Barranquilla FC, hvor han var toppscorer i den colombianske andredivisjon med femten mål, før han ble tilbakekalt til Atlético Junior før 2009-sesongen. I 2012 gikk Bacca til belgiske Club Brugge. I 2013 gikk Bacca til Sevilla FC