Bauer begynte sin publisistiske løpebane i 1835, idet han forsvarte den spekulative teologi mot David Friedrich Strauß' evangeliekritikk.[trenger referanse] Som representant for vendrehegelianismen fikk han overdratt seg utgivelsen av annen og (og i forhold til Marheinkes fullstendig omarbeidede) utgave av Georg Wilhelm Friedrich HegelsReligionsphilosophie.
Bauer, som var hegelianer, diskuterte blant annet forskjellene i gudsoppfatning hos ulike kulturer. Fra og med 1840 utgav Bauer en lang rekke verker der han tok til orde for at Jesus Kristus ikke er en historisk person, men en myte som oppstod i en synkretistisk kontekst.[7]
I skriftene Kritik der evangelischen Geschichte der Synoptiker (1841-42) forsøkte han å påvise at evangeliene var litterære produkter og uten historisk gehalt. Dermed ble han i 1842 nødt til å slutte i undervisninfsstillingen. Under de nærmeste påfølgende år syslet han først og fremst med profanhistorie, men gjenopptok senere til bibelkritiske forfatterskap med verk som Kritik der paulinischen Briefe (1850-52) og Kritik der Evangelien und Geschichte ihres Ursprungs (1850-51), der han fornekter at Jesus eksisterte. I et senere arbeide, Christus und die Cäsaren. Der Ursprung des Christentums aus dem römischen Griechtentum (1877), fremstiller han kristendommen som et produkt av stoisismen og Filons filosofi. Han markerte seg også med sterke antijødiske standpunkter.
Bibliografi (ufullstendig)
Kritik der evangelischen Geschichte des Johannes (1840)
Kritik der evangelischen Geschichte der Synoptiker, 2 bind (1841)
Die Posaune des jüngsten Gerichts über Hegel, den Atheisten und Antichristen (1841)
Die gute Sache der Freiheit und meine eigene Angelegenheit (1842)
Hegels Lehre von der Religion und Kunst von dem Standpunkte des Glaubens aus beurteilt (1842)
Das Entdeckte Christentum (1843, forbudt og ødelagt, glemt inntil 1927: utg. Barnikol)
Die Judenfrage (1843)
Geschichte der Politik, Kultur und Aufklärung des 18. Jahrhunderts (1843–45)
Geschichte Deutschlands und der französischen Revolution unter der Herrschaft Napoleons, 2 bind (1846)
Kritik der Evangelien und Geschichte ihres Ursprungs, 4 bind, 4 suppl. (1850–52)
Russland und das Germanentum (1853)
Philo, Renan und das Urchristentum (1864)
Christus und die Cäsaren (1877)
Zur Orientierung über die Bismarck'sche Ära (1880)
Disraelis romantischer und Bismarcks sozialistischer Imperialismus (1882)
