Den nordlige delen består av fjellområder med et høyeste punkt på 3 052 m. Hovedstaden Bergamo ligger der dalene Val Brembana og Val Seriana munner ut i slettelandet nord for Po. På det flate slettelandet ligger den sydlige delen av provinsen.
Adda og Oglio er sideelver til Po. Begge renner gjennom Bergamo. Elven Brembo, som er 74 km lang, befinner seg i sin helhet i Bergamo. Den renner gjennom Val Brembana. Elven Serio, som er 124 km lang, starter nord i Val Seriana og fortsetter inn i Cremona.