Han var medlem av Nordland fylkesting fra 1980 til 1995 og medlem av fylkesutvalget fra 1985 til 1987. Som vararepresentant til Stortinget i to perioder fra 1981 til 1989 møtte han i 135 dager.[1]
Eidissen var næringskonsulent og senere næringssjef i Andøy kommune fra 1983 til 1985, deretter bedriftsrådgiver på Andenes.[1][2] Han flyttet tilbake til Bodø i 1996.[2]
Siden 1990-årene har Benn Eidissen og Even Carlsen bygd opp en privat barnehagevirksomhet, som siden 2011 har inngått i Norlandia-konsernet sammen med brødrene Kristian og Roger Adolfsens pasienthotell- og sykehjemsdrift.[3][4] I 1993 tok Eidissen initiativet til å stifte Private Barnehagers Landsforbund, der han har vært styreleder.[1]
I 2012 kom Eidissen tilbake til politikken som leder i Nordland Høyre, men tapte partiets stortingsnominasjon til Odd Henriksen samme år og varslet sin fratreden.[5][6]
