Morgan er gift med Clayton Michael «Clay» M. Morgan, og sammen har de sønnene Adam og Ryan. Hun var lærer ved McCall-Donnell School, McCall, Idaho.
Morgan ble tatt ut til lærer i verdensrommet19. juli1985, der hun trente sammen med Christa McAuliffe. McAuliffe ble førstekandidaten og Morgan hennes reserve. McAuliffe omkom da Challenger eksploderte 73 sekunder etter at oppskytningen startet.
4. juni1998 ble Morgan tatt ut som lærerastronaut som en fortsettelse av programmet og fikk samme astronaututdanning som øvrige astronauter. Sjef i NASA, Sean O'Keefe, offentliggjorde 12. desember2002 at Morgan skulle få være med på romfergeferden STS-118, opprinnelig planlagt til november2003, som en ferd til den internasjonale romstasjonen ISS. Ferden ble imidlertid utsatt etter at romferga Columbia/STS-107 havarerte på vei ned til jorda 3. februar 2003. STS-118 ble så utsatt til april 2007, men ble først skutt opp 8. august 2007.
