Baker Countys totale areal er 7999 km² hvorav 53 km² er vann. I 2000 hadde fylket 16 1 innbyggere og administrasjonssenteret ligger i byen Baker City som også er fylkets største by. Fylket ble grunnlagt i 1862 og har fått sitt navn etter senator Edward Dickinson Baker som ble drept under den amerikanske borgerkrigen.
