Atapuerca er en spansk by i provinsen Burgos i Castilla y León. Byen er mest kjent for å ha gitt navn til den karstiske regionen i Spania. Her finnes flere større kalksteins-grotter hvor etterlatenskaper fra de første menneskene i Europa har blitt funnet, blant annet fossiler og steinverktøy som kan dateres til mellom 780 000 og en million år siden.
Utgravninger flere steder på 1900-tallet har ført til funn av menneskelige levninger fra flere tidsrom, fra Homo erectus, Homo heidelbergensis, og den mer nylig identifiserte arten Homo antecessor til bronsealderen og det moderne menneske. Det mest kjente stedet i Atapuerca er «Sima de los Huesos» (Beingropen). Denne ligger i bunnen av en 13 meter dyp sjakt som man kan nå fram til gjennom grottesystemet i Cueva Mayor. Fossilene her er minst 350 000 år gamle, noe som tilsvarer midten av pleistocen. Sima de los huesos inneholder mange rester av mennesker som represeneterer omtrent 30 skjelett av Homo heidelbergensis, en direkte forløper for Neandertalere.
Arkelologer har foreslått at denne oppsamlingen av bein representerer en tradisjon for gravlegging av innvånerne i grotten. På grunn av mangelen på mindre bein er det også fremmet en konkurrerende teori og at beinene er samlet i sjakten gjennom vann og vind.
