Han ble hentet til Manchester United fra Athletic Bilbao sommeren 2014.
Klubbkarriere
Real Zaragoza
Herrera debuterte som profesjonell fotballspiller for Real Zaragoza i 2008–09-sesongen i Segunda División. Han fikk 19 kamper i sesongen som endte med opprykk til La Liga. Herrera scoret sitt første ligamål 6. desember denne sesongen i 4-1 tapet mot RCD Mallorca. Han fikk sin debut i La Lige 29. august 2009, under 1–0 seieren over CD Tenerife.[7]
Sesongen etter var han en av lagets mest benyttede spillere, og scoret sitt første ligamål 6. desember denne sesongen i 4-1 tapet mot RCD Mallorca.[8]
I 2010–11-sesongen fortsatte Herrera å spille fast hos Zaragoza, både under manager José Aurelio Gay og etterfølgeren Javier Aguirre.
Athletic Bilbao
Den 7. februar 2011 signerte han en femårs-avtale med Athletic Bilbao etter en overgang verdt 7,5 millioner euro, som trådte i kraft 1. juli samme år. Herrera fikk sin debut for Athletic 18. august 2011, da han spilte hele kampen mot Trabzonspor i Europaligaen. Han spilte 54 offisielle kamper og scoret fire mål i sin første sesong, hvor klubben nådde finalen i både Copa del Rey og Europaligaen.
I august 2013 mottok Athletic Bilbao et bud på 24 millioner britiske pund fra Manchester United, som ble avvist.[9]
Manchester United
Den 26. juni 2014 annonserte Athletic Bilbao at de hadde akseptert et bud på rundt 29 millioner britiske pund fra Manchester United.[10] Det ble senere kjent at budet hadde utløst en utkjøpsklausul i Herreras kontrakt.[11] Manchester United annonserte samme dag at Herrera hadde signert en fireårs-kontrakt med klubben.[12]
PSG
Den 4. juli 2019 skrev han under for den franske klubben PSG til 30. juni 2024.[13]