McInally begynte sin fotballkarriere hos den lokale klubben Ayr United FC i 1980, hvor han fikk sin debut i den øverste divisjonen i 1980/1981-sesongen. Hans scoringsrate var på om lag ett mål hver tredje kamp, noe som førte til interesse fra større klubber. I løpet av 1983/1984-sesongen scoret han 15 mål på 35 seriekamper, noe som førte til at storklubben Celtic FC la inn et bud på ham. Hos Celtic slet han med å etablere seg på førstelaget og var ofte henvist til innbytterbenken. Han bidro likevel til viktige scoringer da han ble byttet inn, og fikk også verdifull erfaring med europacupspill. Celtic vant Scottish Cup i 1984/1985, men uten at McInally fikk spille finalen. Han spilte dog i finalen i Scottish League Cup mot byrivalen Rangers FC i 1986/1987, hvor Celtic tapte 1–2.
Han fikk tildelt sin første medalje da Celtic vant seriemesterskapet i 1985/1986-sesongen på målforskjell over Hearts. I den påfølgende tredje sesongen fikk ble han etablert og fikk spille 38 seriekamper, hvor han kvitterte seg for 15 mål. Dette ble ironisk nok både hans beste og siste sesong for Celtic, da klubbens nye manager Billy McNeil bestemte seg for å kvitte seg med flere spillere, deriblant Celtics tre angripere Mo Johnston, Brian McClair og Alan McInally.
McInally endte opp med å bli solgt til den engelske andredivisjonsklubben Aston Villa FC, hvor han i sin første sesong var med på å hjelpe klubben opp igjen til førstedivisjon på første forsøk med fire mål på 26 seriekamper. I den påfølgende 1988/1989-sesongen scoret han 14 mål på 33 seriekamper, og hjalp Aston Villa med å beholde plassen på øverste nivå. På samme tid ble han også tildelt sin første landskamp for Skottland, og sammen med sin gode form for Villa la den tyske storklubben FC Bayern München inn et bud på £1,2 millioner som ble akseptert. Sammen med kjøpet av den jugoslaviske angriperen Radmilo Mihajlović var det ventet at Bayern München skulle forsvare tittelen i Bundesligaen og avansere ute i Europa.
I 1989/1990-sesongen scoret han ti mål på 31 seriekamper, og var dermed en aktiv bidragsyter til at Bayern sikret seriemesterskapet. Han hjalp også klubben med å spille seg frem til en semifinale i Serievinnercupen mot AC Milan, som Bayern tapte på bortemålsregelen. Den påfølgende 1990/1991-sesongen var McInally mye skadet og slet med å få tillit på førstelaget, med kun syv målløse seriekamper. En alvorlig kneskadet satte ham ut av spill i 1991/1992-sesongen, og da kontrakten hans gikk ut mot slutten av sesongen dro han på en fri overgang tilbake til Skottland og Kilmarnock FC, hvor hans far Jackie McInally var angriper og hjalp klubben til seriemesterskapet i 1965. McInally spilte åtte seriekamper før han på slutten av 1993/1994-sesongen ble tvunget til å legge opp på grunn av skade.
Landslagskarriere
McInally fikk sin landslagsdebut for det skotske herrelandslaget den 8. februar 1989 i en VM-kvalifiseringskamp hjemme mot Kypros (3–2). Han ble deretter tatt ut i troppen til verdensmesterskapet i Italia i 1990 av landslagstrener Andy Roxburgh, hvor han kun spilte den første gruppespillkampen mot Costa Rica (0–1).[3] Fra 1989 til 1990 spilte han totalt åtte landskaper og scoret tre mål for Skottland.[4]
