Etter Voyagers møte med Uranus, forlot han JPL til fordel for New Mexico State University i Las Cruces. Han fikk sin Ph.D. i astronomi i 1992. Etter å ha observert omkring 200 kometer, oppdaget han 23. juli1995Hale-Bopp med et teleskop fra sin egen oppkjørsel. Det uskarpe himmellegemet var ikke å finne i noen stjernekart over stjernebildet Skytten og det var snakk om en hittil uoppdaget komet.[1] Samtidig som Hale observerte kometen ble den også sett av amatørastronomen Thomas Bopp. Den ble dermed døpt Hale-Bopp, og er antageligvis den mest observerte kometen i løpet av det 20. århundre samt den mest lyssterke siden Wests komet i 1976.[2]
