Vågsfjorden er ein sentral fjord i området og mange sund og fjordar møter fjorden mellom dei mange øyane. Lengst sør går Tjeldsundet sørover langs austsida av Hinnøya til Vestfjorden i Ofoten. Rolla er den sørlegaste øya på austsida og på sørsida av øya går Astafjorden austover til Grovfjorden, Gratangen, Lavangen og Salangen. Mellom Rolla og Andørja ligg sundet Bygda. Sjølve Andørja vert nesten delt i to av fjorden Straumsbotn. Mjøssundet ligg mellom Andørja og fastlandet i aust. Nord for Mjøssundet går Faksfjorden austover og lenger nord går Tranøyfjorden på austsida av Senja til ei rekkje andre fjordarmar.
Utsyn over Vågsfjorden mot Senja i nord
Stonglandet er ei halvøy som stikk ut i fjorden frå Senja og på nordsida av denne ligg den vesle Eidepollen som er den nordlegaste delen av Vågsfjorden. Sørvest for Senja ligg Bjarkøy kommune med Andfjorden nord for seg. Mellom Bjarkøya og Grytøya ligg Kvernsundet, medan Toppsundet går mellom Grytøya og Hinnøya.
