Malafejev har, i ein alder av 33 år, spelt heile karrieren sin for Zenit i heimbyen sin, St. Petersburg. Med dei har han vunne den russiske serien to gonger, i 2007 og 2010, cupen i 1999 og 2010 og UEFA-cupen i 2008. Han debuterte for Russland sitt A-landslag 19. november 2003 i ein EM-kvalifiseringskamp mot Wales. Då han vart teken ut i Russland sin tropp til fotball-EM i 2012, vart dette den tredje europameisterskapen på rad han tek del i.
