Tsjaja spring ut frå fjellet Verkhneangarskogo og renn over Nord-Bajkalhøglandet mot nordvest. Ved elva veks lerk, gran og furu. Elva er rik på fisk og er ei populær elv for vassport med om lag 40 stryk.
Sideelvar
Frå venstre: Olokit, Abtsjala, Akukan, Tsjiko, Guljakit, Nyrunda, Koganda, Kiljakta, Zverinaja, Tsjajskij, Glubokij, Petrovskij og Krivososjenskij.
Frå høgre: Njusidjok, Amutberen, Koloktakan, Tupo, Asiktaka, Izvilistyj, Magdana, Nalimda, Tulbukonovskaja, Kamennyj, Porozjnyj, Rubtsjenok, Berjozovyj, Limpeja, Ugot-Pad, Tsjprikha og Krasnyj.