Ha var fødd i München og var den eldste sonen til keisar Karl VII og kona hans Marie Amilie av Austerrike. Besteforeldra på morssida var keisar Josef I og Wilhelmina Amalia av Brunswick-Lüneburg.
Maximilian Josef var ein progressiv og opplyst herskar som gjorde mykje for å utvikle landet sitt. I 1747 vart porselensfabrikken i Nymphenburg grunnlagd. Den første akademiske institusjonen i München, Det bayerske vitskapsakademiet, vart grunnlagd i 1759 av Maximillian III. Under den alvorlege dyrtida i 1770 selde Maximilian kronjuvelane for å betale korn. Dette året gav han òg ut ediktet mot den ekstravagante pompøsiteten som kyrkja synte, og dette endra den bayerske rokokko-perioden. Han forbaud òg pasjonsspela i Oberammergau .
Desember 1777 døydde Maximilian Josef av koppar utan arving. Som den siste av den yngre greina av huset Wittelsbach, som kom frå Ludvig IV av Det tysk-romerske riket, og som hadde styrt Bayern sidan tidleg på 1300-talet, førte dødsfallet hans til den korte bayerske arvefølgjekrigen. Gemalinna til Maximilian, Maria Anna Sofia av Sachsen, forhandla med Preussen for å sikre Bayern sjølvstende mot Austerrike. Til slutt vart Maximilian etterfølgd av ein fjern slektning, kurfyrste Karl IV frå den eldre greina av dynastiet.
Maximilian III Josef er gravlagd i krypta i Theatinerkirche i München.
