Det første spora av eit kristent samfunn i byen, med sin eigen biskop, finn ein frå Khalkedon-rådet i 451, der Konstantin, metropolitten av Bostra (provinshovudstaden) signerte på vegner av Gaiano, «biskopen av Medabeni.»
Byen vart busett på ny i mellom ruinane av oldtidsbyen av 90 arabiske kristne familiar frå Kerak i sør, leia av to italienske prestar frå det latinske patriarkatet i Jerusalem i 1880. Det var starten på den arkeologiske undersøkinga av området.
Madabakartet vart oppdaga i 1896 og trekte til seg merksemda frå forskarar verda over. Mosaikken syner eit kart over regionen, datert til 500-talet, og er bevart i golvet på den gresk-ortodokse basiliaken St. Georg. Med to millionar bitar av farga stein, syner kartet åsar og dalar, landsbyar og byar i Palestina og Nildeltaet.