I 1941 etablerte tyskarane to rullebanar på Høybuktmoen, på 1 000 og 1 200 meter. Desse vart etablert av omsyn til dei tyske åtaka på Sovjetunionen.
Da tyskarane trekte seg attende vart flyplassen øydelagt, men han vart i etterkrigsåra bygd opp att og rullebanane utvida til høvesvis 1 270 og 1 600 meter. I 1963 vart Høybuktmoen lufthamn, saman med Alta lufthamn og Banak lufthamn i Lakselv, innlemma i det nasjonale stamrutenettet.
Den kortaste rullebanen (omtrentleg retning 15/33) er ikkje lenger i drift.