Ho spring ut i fjellet Skopska Crna Gora i Nord-Makedonia, nord for hovudstaden Skopje. Etter ho kryssar grensa til Kosovo vert ho kalla Binačka Morava. Etter 49 km møter ho Preševska Moravica ved Bujanovac og resten av elva (246 km) vert kalla Južna Morava.
Elva sitt nedslagsfelt høyrer til Svartehavet og ho drenerer eit område på 15 469 km², av dette 1237 km² i Bulgaria (via sideelva Nišava). Ved munningen har ho ei middelvassføring på 100 m³/s.
Južna Morava renn gjennom ein dal som består av ei rekkje kløfter og søkk.
Južna Morava brukte å vere 318 km lang, men etter store flaumar har elva danna seg nye elveleie og er i dag nesten 30 km kortare. Ho er i dag kortare enn Zapadna Morava.
Elvar har eit stort potensial for straumproduksjon, men dette er ikkje nytta i dag. Det finst likevel vasskraftverk i nedslagsfeltet hennar. Noko av vatnet vert nytta til vatning.