I 1576 stilte han seg på nytt i spissen for hugenottane sin kamp. Han vart utpeika til tronfylgjar av svogeren, Henrik III av Frankrike, medan han låg og skulle døy. Katolikkane ynskte ikkje å ha ein «kjettarkonge». Etter nokre år med strid, gjekk Henrik i 1593 over til katolisismen igjen, og vart i 1594 krona til konge. Ved overgangen til katolisismen, skal Henrik ha sagt «Paris vaut bien une messe»; 'Paris er vel ei messe verd.
Borgarkrigen tok slutt i 1594, og Henrik kunne gjera inntog i Paris. Katolisismen hadde sigra, men gjennom ediktet i Nantes av 1598 vart hugenottane sikra ei høvesvis trygg stilling i landet.