Zeja vart grunnlagd i 1879 som ein busetnad kalla Zejskij Sklad (russisk: Зе́йский Склад, norsk; Zeja sitt lager) då det vart oppdaga gull i nedslagsfeltet til elva Zeja. I 1906 vart namnet endra til Zeja-Pristan (russisk: Зе́я-При́стань, norsk; Zeja si hamn). I 1913 fekk byen nok ein gong nytt namn og vart denne gongen omgjort til Zeja, namnet byen har den dag i dag.