Het seizoen 2003/04 van de zondag Hoofdklasse C ging van start op 30 augustus2003, de laatste speelronde was op 2 mei2004. De zondag Hoofdklasse C is een van de zes ene hoogste voetbalcompetities in Nederland uitgeoefend door amateurs. De regerend kampioen was HSC '21, dat vorig seizoen kampioen werd en dit seizoen weer zou worden.
Verloop
HSC '21 wist dit seizoen als eerste club, sinds de herindeling van de Hoofdklasse in 1996, de titel in de Hoofdklasse C te prolongeren.
AGOVV dat dit seizoen voor het eerst ook weer uitkwam in de Eerste divisie en daardoor een aantal spelers was kwijt geraakt aan de profafdeling van de club, degradeerde na dit seizoen. VV Hoogeveen en VV De Bataven moesten een beslissingswedstrijd na afloop het seizoen spelen. Beide club waren op evenveel punten gekomen, terwijl er maar 1 club kon spelen in de promotie/degradatie nacompetitie.
Doordat VV Hoogeveen en VV De Bataven uitkwamen uitkwamen op evenveel punten (27), moest er volgens de reglementen binnen het amateurvoetbal een beslissingswedstrijd gespeeld worden om te bepalen wie er 12e werd en daardoor verplicht was om deel te nemen aan de nacompetitie om promotie/degradatie. De winnaar van deze wedstrijd werd 11e en kwam ook in het seizoen 2004/05 uit in de Hoofdklasse.
VV Hoogeveen won uiteindelijk de wedstrijd.