De mijn werd in 1526 ontwikkeld door een Japanse handelaar en bereikte zijn hoogtepunt in de vroege 17e eeuw toen er zo'n 38 ton zilver per jaar werd gedolven. Zilver werd op grote schaal gebruikt voor het vervaardigen van munten. De Iwami Ginzan werd fel betwist door krijgsheren, tot uiteindelijk het Tokugawa-shogunaat de controle over de mijn had gewonnen, als gevolg van de overwinning in de Slag bij Sekigahara in 1600.
De zilverproductie van de mijn nam af in de 19e eeuw en kon de concurrentie met andere mijnen niet meer aan, waardoor het uiteindelijk moest sluiten.
