De vlag van Karakalpakstan bestaat uit drie even hoge horizontale banen in de kleuren blauw, gele oker en groen die van elkaar gescheiden worden door een smalle rode en een nog smallere witte baan. Aan de hijszijde van de vlag, in de blauwe baan, staan een wittehalve maan en vijf witte sterren. De vlag is gebaseerd op de vlag van Oezbekistan, het land waar Karakalpakstan een autonome republiek van is.
Ten tijde van de Sovjet-Unie werd het uitdragen van een Karakalpakse identiteit tegengegaan. Na de onafhankelijkheid van Oezbekistan kregen de Karakalpakken meer vrijheden, waaronder ook het recht om een eigen vlag te voeren (zoals hieronder vermeld had het gebied onder Sovjet-bestuur ook een eigen vlag, maar deze had het standaardpatroon van een Sovjet-vlag). Op 14 februari1992 werd de huidige vlag dan ook aangenomen.
.svg)
.gif)
.gif)
