Het seizoen 1968/1969 was het 15e jaar in het bestaan van de Heerenveense betaald voetbalclub Heerenveen. De club kwam uit in de Tweede divisie en eindigde daarin op de negende plaats. Tevens deed de club mee aan het toernooi om de KNVB beker, hierin werd in de derde ronde, na verlenging, verloren van Vitesse (1–2).