Het 33e seizoen van de UEFA Cup (2003/04) begon met de kwalificatierondes. In de kwalificatieronde spelen de clubs uit de 'kleine' landen voor een plekje in de UEFA-Cup. De winnaars van die kwalificatie voegen zich bij de al geplaatste clubs. Uit Nederland en België deden de volgende voetbalclubs mee:
Van de Nederlandse clubs werden NEC en NAC uitgeschakeld. Beide verloren allebei hun wedstrijden. Feyenoord ging wel door en lootte het Tsjechische Teplice. Utrecht lootte tegen het Franse Auxerre.
PSV mocht naar de kwartfinale omdat de thuis wisten te winnen met 3 tegen 0, nadat het eerste duel in een gelijkspel was geëindigd. Brugge verloor beide wedstrijden en lag uit de UEFA-Cup.