In het midden van de jaren 60 richtte Banks samen met Peter Gabriel en Chris Stewart een schoolband op, The Garden Wall. Later ging deze groep samen met een andere schoolband, Anon, waar Mike Rutherford en Anthony Phillips in speelden. Zij namen een aantal demo's op, en uiteindelijk leidde dit tot de band Genesis.
In de vroege jaren van de band had Banks grote invloed op de muziek van Genesis. Zijn keyboardsolo's, zoals de intro van "Firth of Fifth" en het instrumentale deel van "The Cinema Show" getuigen hiervan.
Andere nummers van Banks in de Genesis tijd zijn o.a. "A Trick of the Tail", "One for the Vine", en "Afterglow", dat een populair livenummer zou blijven voor de band.
Nadat Gabriel en Steve Hackett de band verlieten, was Banks de eerste die een soloalbum uitbracht. In tegenstelling tot die van Rutherford en Phil Collins waren zijn soloalbums echter niet erg succesvol en werden voornamelijk gekocht door Genesis-adepten. Desalniettemin wordt Banks zowel door critici als vakgenoten erkend als een van de belangrijkste componisten en muzikanten in de rockmuziek.
Zijn muziek voor de film 2010: The Year We Make Contact werd door regisseur Peter Hyams afgekeurd. Banks schreef wel de muziek voor de film Quicksilver, met Kevin Bacon. Toen de activiteiten van Genesis stilvielen, richtte Banks zich weer op het schrijven van solowerk, wat hij opnam vanaf 2002.
In 1998 vormden enkele fans een "tributeband", Strictly Banks geheten, die optrad met Banks' solonummers, waarvan vele nog nooit voor publiek waren gespeeld.
