Ze ontdekten dat het immuunsysteem cellen die zijn geïnfecteerd door een virus worden herkend door T-cellen middels twee moleculen op het oppervlak van de cel: een van het virus-antigen, en een van het major histocompatibility complex (MHC).[1] Het MHC-gen was in de jaren vijftig reeds geïdentificeerd omdat het medeverantwoordelijk was voor afstotingsreacties bij orgaantransplantaties.
Aan hun samenwerking kwam kort daarna een einde – Zinkernagel vertrok naar het Scripps Clinic Research Institute in La Jolla in de Verenigde Staten. Hier deed hij onderzoek naar de zwezerik en de rol die dit orgaan speelt in het auto-immuunsysteem. Eind 1979 keerde hij terug naar Zwitserland waar hij de positie van universitair hoofddocent aannam aan de Universiteit Zürich, gevolgd door een hoogleraarschap experimentele pathologie in 1982 en vanaf 1992 als hoogleraar experimentele immunologie. Gedurende zijn periode in Zürich kregen hij en Doherty meer en meer internationale erkenning voor hun eerdere pionierswerk.
R.M. Zinkernagel, P.C. Doherty (1972). Immunological surveillance against altered self components by sensitised T lymphocytes in lymphocytic choriomeningitis. Nature251 (5475): 547-8. PMID4547543.
R.J.M. ten Borge, C.J.M. Melief (1996). De Nobelprijs Geneeskunde 1996 voor de ontdekking van 'MHC-restrictie'.. Ned. Tijdschr. Geneeskd.140 (52): 2607-2610.