Na de oorlog verhinderde zijn naziverleden aanvankelijk een nieuwe wetenschappelijke aanstelling, maar op voorspraak van Wolfgang Pauli werd hij gerehabiliteerd, en kwam in 1947 als gasthoogleraar te werken aan de Universiteit van Hamburg, waar hij vervolgens van 1953 tot zijn emeritaat in 1971 gewoon hoogleraar was. Toch bleef het verleden hem achtervolgen en zijn grote bijdrage aan de theoretische natuurkunde is vrijwel vergeten.[1]
Tussen 1957 en 1961 was hij parlementslid voor de CDU. Een bekende controverse rond Jordan ontstond in 1957. Een groep van achttien vooraanstaande Duitse geleerden, waaronder Born en Heisenberg, sprak zich uit tegen plannen van de regering om de Bundeswehr van kernwapens te voorzien. Jordan vond dit naïef en gesteund door het CDU noemde hij de Göttinger Achtzehn een bedreiging voor de wereldvrede. Jordan trok het politieke oordeelsvermogen van zijn vroegere leermeester Born in twijfel, hetgeen hun relatie grondig verstoorde.
In 1966 was Jordan medeoprichter van de rechts-conservatieve "Evangelische Notgemeinschaft in Deutschland".
Wetenschappelijk werk
Met Born wist Jordan in 1925 de ideeën van Heisenberg wiskundig exact te maken, wat leidde tot de matrixmechanica. Ook op andere onderdelen van de kwantummechanica en de kwantumveldtheorie leverde hij in de jaren twintig en dertig belangrijke bijdragen. Na de Tweede Wereldoorlog hield hij zich vooral bezig met de algemene relativiteitstheorie en aanverwante onderwerpen, zoals de kosmologie.