Op 11 februari2011 droeg president Moebarak de macht over aan de Opperste Raad van de Strijdkrachten, met Tantawi als voorzitter. De Opperste Raad deelt de macht met de voorzitter van het Opperste Constitutionele Hof Farouk Sultan. Een van de belangrijkste taken van de nieuwe militaire regering was het ontbinden van het kabinet en het parlement en het ordelijk leiden van het overgangsproces dat culmineerde in de presidentsverkiezingen van 2012 waarbij Mohamed Morsi werd verkozen tot de nieuwe president.[1] Op 30 juni2012 nam Morsi de macht over van Tantawi en op 12 augustus 2012 stuurde president Morsi Tantawi met pensioen. Ook had Morsi alle door het leger afgekondigde grondwettelijke amendementen die het militaire apparaat veel macht gaven ongeldig verklaard.[2]
Mohammed Tantawi stond te boek als een loyaal volgeling van Moebarak.[3] Hij overleed na een periode van ziekte in Caïro op 85-jarige leeftijd.[4][5]