In Fontainebleau werd Ney op 4 april 1814 de woordvoerder van de opstandige maarschalken die Napoleons abdicatie vroegen. Ney vertelde Napoleon dat het leger niet zou oprukken naar Parijs. Zo werd de keizer door zijn generaals tot abdicatie gedwongen.
Na de Restauratie van het huis Bourbon benoemde Lodewijk XVIII hem tot pair van Frankrijk en bevelhebber van de 6e divisie. Toen hij werd uitgezonden tegen de van Elba teruggekeerde Napoleon, liep hij op 17 maart 1815 met 20.000 man over bij Auxerre. 's Avonds vluchtte Lodewijk XVIII naar Gent. Napoleon gaf opdracht het leger aan de noordgrens te herorganiseren, zodat in mei een beslissende slag tegen de geallieerden geleverd kon worden. Het werd juni na de goedkeuring van het Charter van 1815.
Michel Ney gaf twee dagen later, tijdens de slag bij Waterloo, rond 16 uur het bevel om het geallieerde centrum via cavaleriecharges aan te vallen. De lichte cavalerie van de Garde, onder luitenant-generaal Lefèbvre-Desnouettes (2000 ruiters), sloot zich aan bij de 3000 kurassiers onder Jean-Baptiste Milhaud. Deze aanval liep stuk tussen de geallieerde carrés. Rond 16.20 uur bemerkte Wellington voor het eerst de troepen van Blücher die oprukten naar zijn linkervleugel. Napoleon keurde de autonome actie van Ney af.
Rond 17 uur besloot Napoleon zelf tot een tweede cavaleriecharge tegen het vijandelijk centrum. Op eigen initiatief sloot de Zware Cavalerie van de Garde zich hierbij aan. 6000 ruiters stormden opnieuw voorwaarts, en Ney verloor die dag daarbij zijn vierde paard. Een half uur later was de Franse aanval doodgebloed. Hun cavalerie leed 30 à 40% verliezen.
Na de nederlaag van Napoleon in de Slag bij Waterloo werd Ney op 3 augustus gearresteerd in Parijs. Vier maanden later werd hij gefusilleerd op beschuldiging van hoogverraad. Zijn advocaat pleitte dat het gebied waar hij geboren was, geannexeerd was door de Pruisen, waardoor hij op papier geen Fransman meer was, maar Ney weigerde het probeersel te accepteren en zei: "Je suis français et je resterai français!" Hij weigerde geblinddoekt te worden en zou, volgens bepaalde bronnen, zelf het bevel tot schieten hebben gegeven in de Jardin du Luxembourg. De Broglies stem tegen de veroordeling werd gezien als een oppositionele daad tegen koning Lodewijk XVIII en hij week tijdelijk uit naar het buitenland.
Wegens zijn grote moed kreeg hij onder zijn manschappen (of van Napoleon) de naam 'dapperste der dapperen'. Zijn tactisch inzicht is echter door historici altijd sterk bekritiseerd. Zijn ongecoördineerde aanvallen bij Quatre Bras en Waterloo zou mede de oorzaak zijn geweest van Napoleons nederlaag. Er zijn echter ook historici die ervan uitgaan dat Ney last had van het psychische fenomeen dat later shellshock genoemd zou worden, waardoor hij niet meer in staat zou zijn rationele beslissingen te nemen.
Michel Ney ligt begraven op de begraafplaats Père Lachaise in Parijs.