Maria Amelia was grootmeester van de Sint-Elisabeth-orde en werd na de dood van haar echtgenoot in 1798 abdis van het vrouwenklooster Sint-Anna in München, waarvan de statuten onder haar bewind meermaals veranderd werden door haar schoonbroer, koning Maximiliaan I Jozef van Beieren. Na de dood van Karel August was ze in 1795 ingetrokken in het Slot van Neuburg, waar ze een omvangrijke bibliotheek had aangelegd. In april 1831 stierf Maria Amelia op 73-jarige leeftijd, waarna ze werd bijgezet in de hofkerk van Neuburg. Haar bibliotheek werd in 1834 geveild.
Nakomelingen
Marie Amelia en haar echtgenoot Karel II August kregen een zoon:
Karel August Frederik (1776-1784), erfprins van Palts-Zweibrücken.