De marathon van Tokio 2016 werd gehouden op zondag 28 februari2016. Het was de tiende editie van deze marathon.
De EthiopiërFeyisa Lilesa kwam als eerste man over de finish in 2:06.56. Hij bleef hiermee de KeniaanBernard Kipyego, die in 2:07.33 de finish passeerde, ruim een halve minuut voor. Het verschil maakte hij met name in de laatste kilometer. Bij de vrouwen ging de Keniaanse Helah Kiprop met de hoogste eer strijken; zij won de wedstrijd in 2:21.27. Zowel de eerste man als de eerste vrouw wonnen omgerekend ruim $70.000 aan prijzengeld.
In totaal namen 36.150 hardlopers deel aan het evenement, waarvan 28.050 mannen en 8100 vrouwen.