De club werd opgericht op 1 juli1965 onder de naam VTJ Dukla Banská Bystrica. In 1967 werd VTJ gewijzigd in AS en in 1968-1969 speelde de club voor het eerst in de hoogste klasse van de Tsjecho-Slowaakse competitie. In 1977 keerde de club terug, onder de naam ASVS Dukla en werd nu een vaste waarde, met uitzondering van seizoen 1982/83. In 1984/85 speelde de club Europees. In 1992 degradeerde de club. Dat jaar werd ook de naam FK Dukla aangenomen.
Na de Slowaakse onafhankelijkheid werd de club een vaste waarde in de hoogste klasse en kon verschillende keren Europees voetbal afdwingen. In 2000 volgde een eerste degradatie. Na drie seizoenen kon de club terugkeren en bleef nu tot 2015 in de hoogste klasse. Na de degradatie uit de 2. Liga in het seizoen 2016/17 werd de club, vanwege financiële problemen, opgeheven. De club fuseerde daarop met ŠK Kremnička en kon na één seizoen terugkeren naar de tweede divisie. In het seizoen 2022/23 speelde de club weer op het hoogste niveau.