In 1002 wilde hij als hertog zijn achterneef, keizer Otto III, bijstaan in het onderdrukken van een opstand in Italië. Voordat Hendrik aankwam in Italië, stierf Otto III echter aan koorts. Otto liet geen directe erfgenamen na. Na het verslaan van een aantal andere rechthebbenden op de troon, werd Hendrik II op 9 juli 1002 gekroond tot koning van Duitsland ("Rex Romanorum") en op 15 mei 1004 tot koning van Italië ("Rex Italiae").
Op 7 juni 1002 werd hij tot Oost-Frankisch koning gekroond en op 14 februari 1014 kroonde paus Benedictus VIII Hendrik tot keizer van het Heilige Roomse Rijk ( "Romanorum Imperator") in de Sint-Pietersbasiliek te Rome.
In 1004 hielp Hendrik II Jaromír, hertog van Bohemen, in zijn strijd tegen de Polen en zorgde hiermee dat het Hertogdom Bohemen een deel werd van het Heilige Roomse Rijk. In tegenstelling tot zijn voorganger, die zijn aandacht richtte op Italië, was Hendrik het grootste deel van zijn regeerperiode bezig met het grondgebied ten noorden van de Alpen. Zijn belangrijkste focus lag op een reeks oorlogen tegen de Poolse hertog Bolesław I van Polen, die al een aantal landen om hem heen had veroverd. Hendrik leidde ook drie expedities naar Italië om de keizerlijke heerschappij over het schiereiland te waarborgen: tweemaal om separatistische opstanden te onderdrukken en een keer tegen het Byzantijnse Rijk om de dominantie over het zuiden van Italië te verkrijgen.
Schenkingen aan het nieuwe bisdom Bamberg
Beoordeling
De heerschappij van Hendrik II wordt gezien als een periode van sterk centraal gezag over het hele Rijk. Hij consolideerde zijn macht door het ontwikkelen en onderhouden van persoonlijke en politieke banden met de katholieke kerk. Hij breidde de gewoonte van de Ottonen om geestelijken als tegengewicht te gebruiken tegenover de seculiere edelen sterk uit. Door middel van donaties aan de kerk en de oprichting van nieuwe bisdommen zoals bijvoorbeeld Bamberg, versterkte hij het keizerlijke gezag over het Rijk en kreeg hij als keizer meer controle over kerkelijke zaken. Hij benadrukte dienstbaarheid aan de Kerk en bevorderde monastieke hervormingen.
Huwelijk
Hendrik II was getrouwd met Cunegonde van Luxemburg. Het paar zou geen kinderen nalaten. Hendrik II was de laatste keizer van de dynastie van de Ottonen.
Die Urkunden Heinrichs II. und Arduins (Heinrici II. et Arduini Diplomata), edd. H. Bresslau - H. Bloch - R. Holtzmann - e.a. (MGH Diplomata regum et imperatorum Germaniae, III), Hannover, 1900–1903 (= 2001) (online versie[dode link]).
Die Tegernseer Briefsammlung, ed. K. Strecker (MGH Epistolae selectae, III), Berlijn 1925 (= 1964) (online versie[dode link]).
J.F. Böhmer, Regesta Imperii II, 4. Die Regesten des Kaiserreiches unter Heinrich II., red. T. Graff, Wenen - e.a., 1971 (online versie).