De kapitein-ter-zee is bij de Koninklijke Marine en de Belgische zeemacht de hoogste hoofdofficier, equivalent aan de kolonel bij land- en luchtmacht.
De kapitein-ter-zee voert het bevel over grote oorlogsbodems (bijvoorbeeld een kruiser, slagschip of vliegdekschip) of een walorganisatie. Zo werd bij de Koninklijke Marine tot voor kort bij de Onderzeedienst en de Mijnendienst leiding gegeven door een kapitein-ter-zee.