Kanovaren stond tijdens de Middellandse Zeespelen 1979, die georganiseerd werden in het JoegoslavischeSplit, voor het eerst op het programma van de Middellandse Zeespelen. Daarna zou het echter nog tot 1991 duren vooraleer kanovaren opnieuw te zien was op de Middellandse Zeespelen. Sindsdien was de sport wel op elke editie aanwezig, met uitzondering van de Spelen van 2001 en 2022. In tegenstelling tot bij de Olympische Zomerspelen waren er enkel onderdelen op vlakwater; de categorie slalom werd nooit georganiseerd door de hoge kosten die gepaard gaan bij het bouwen van zo'n circuit.
Het programma onderging doorheen de jaren verscheidene wijzigingen. Zo werd de K4, die in 1979 zowel voor mannen als voor vrouwen op het programma stond, na deze eerste editie nooit meer opgevoerd op de Middellandse Zeespelen. In 1991, toen kanovaren terugkeerde op het programma, mochten vrouwen niet deelnemen, terwijl dit in 1979 wel nog mocht. Ook in 1993 waren er geen onderdelen voor vrouwen. In 1997 konden er voor het laatst medailles gewonnen worden in het onderdeel kanovaren; sindsdien staan er enkel kajakwedstrijden op het programma.
Met 21 gouden medailles staat Spanje aan de leiding in het eeuwige medailleklassement, gevolgd door Italië en Frankrijk. Opvallend: alle medailles werden tot op heden weggekaapt door Europese landen.