Juan Llaneras behaalde vele overwinningen in zijn carrière. In 1996, 1998, 2000 en in 2007 werd Llaneras Wereldkampioen puntenkoers. Verder won hij in 1997, 1999 en 2006 de koppelkoers: eenmaal met Miguel Alzamora en tweemaal met Isaac Gálvez. Llaneras was ook succesvol op de weg, voor hij definitief overstapte naar het baanwielrennen. Zo heeft hij de Trofeo Mallorca ooit gewonnen en was hij de beste in een etappe in de Ruta del Sol.
Op 26 november2006 kwam zijn teamgenoot Gálvez dodelijk ten val tijdens de koppelkoers van de Zesdaagse van Gent, hij en Llaneras stonden op dat moment tweede in de stand. Juan Llaneras dacht erover om te stoppen met de wielersport maar besloot uiteindelijk toch door te gaan. Op zijn eigen Majorca won hij vervolgens tijdens de Wereldkampioenschappen baanwielrennen 2007 goud zijn vierde wereldtitel op de puntenkoers. Met tranen in de ogen reed hij zijn ereronde.
Op 16 augustus 2008 werd hij olympisch kampioen tijdens de Olympische Zomerspelen 2008 in China. Het was zijn laatste individuele wedstrijd.