Als bestuurder van de California Geological Survey (1860–1874) was Whitney ervan overtuigd dat Yosemite Valley, het middelpunt van Yosemite National Park, ontstaan was door een cataclysmische verzinking van het dal. De Schots-Amerikaanse natuurvorser en schrijver John Muir, een amateur in de geologie, was een andere mening toegedaan, namelijk dat de vallei uitgesleten was door glaciale verschuivingen. Whitney dreef daarop de spot met Muir, die hij een "ignoramus" en "slechts een schaapherder" noemde. In geologische onderzoeken onder Whitneys bestuur werden indicaties van glaciale actie genegeerd; Whitney bleef z'n hele leven bij zijn standpunt. De consensus binnen de wetenschappelijke gemeenschap is nu echter dat Muirs hypothese, en niet die van Whitney, correct was.[1]
