Balaguer heeft onder de dictatuur van Rafael Trujillo vele hoge politieke posities bekleed, waaronder ambassadeur bij de Verenigde Naties en tweede secretaris van het International Parliament for Safety and Peace. Van 1960 tot 1962 was hij president, hoewel dit tot Trujillo's dood in 1961 slechts een schijnfunctie was.
Balaguer was lid van de reformistische partij (PRSC) in de Dominicaanse Republiek.
Hij was van 1966 tot 1978 en van 1986 tot 1996 gekozen als president. Onder zijn leiding heeft de Dominicaanse Republiek grote vooruitgang ondervonden en is veel gedaan aan de verbetering van de infrastructuur en het afbetalen van buitenlandse schulden. Balaguer werd ook wel de 'President van Zand en Beton' genoemd, omdat hij enorm veel wegen en gebouwen in het land heeft laten aanleggen.
Hoewel de oppositiepartijen (PRD en PLD) scherpe kritiek op Balaguers wijze van leidinggeven hadden, had vriend en vijand respect voor zijn groot leiderschap. Balaguer was uiterst conservatief en een hater van communisten in de regio, zoals de Cubaanse president Fidel Castro. Zijn politieke vijanden stelden dat hij een "zetbaas" zou zijn van de Amerikanen in de regio.
Naast politicus was Balaguer ook een schrijver. Hij schreef meerdere boeken, die in eigen land goed werden verkocht. Het bekendste boek is 'Memorias de un cortesano de la era de Trujillo", gepubliceerd in 1988.
Balaguer was op hoge leeftijd (96 jaar) nog actief in de politiek, maar gezien zijn slechte gezondheid (hij was nagenoeg blind en doof) niet meer in staat om naar behoren op te treden. Balaguer is overleden in 2002. Zijn partij is de verkiezingen ingegaan met zijn afbeelding, propagandamateriaal en de slogan "een reformist eet nooit alleen", een bekende uitspraak van Balaguer.