Een van zijn werken is het hiernaast afgebeelde De lijken van de Gebroeders De Witt, nadat zij in Den Haag op het Groene Zoodje waren vermoord op aansturen van Cornelis Tromp.[2] Dit schilderij behoort (met nog zo'n dertiental andere schilderijen van Baen) tot de collectie van Rijksmuseum Amsterdam.
Een van zijn werken 'Zelfportret met echtgenote Maria de Kinderen' blijft een vraagstuk. Het schilderij dat in Museum Bredius hangt toont het echtpaar met een klein lijstje in de hand. Hier zien wij vermoedelijk hun (overleden) dochter. Onbekend is waarom zij zo geportretteerd zou zijn. Op de schouder van Jan de Baen rust een hoofd van een gedaante. Het hoofd is lastig waarneembaar en heeft de indruk van een geest.
Galerij
Portret van Johan Maurits (1604-1679), Graaf van Nassau-Siegen, bouwheer van het Mauritshuis, ca. 1668-1670
Eind januari 2017 ontstond er ophef toen men op een flatgebouw in de Brusselse Brigitinnenstraat een muurschildering ontdekte die verwantschap vertoont met Jan de Baens schilderij De lijken van de Gebroeders De Witt. De muurschildering stelt een bebloede man voor met uitgesneden buik die ondersteboven aan een touw hangt.[3]