In de loop der jaren heeft Hércules CF veel hoogtepunten en dieptepunten meegemaakt. In totaal speelde de club 19 seizoenen in de Primera División, maar ook 11 seizoenen in de Segunda División B en zeven jaar in de Tercera División. Hércules CF is echter vooral een club uit de Segunda División A: in deze divisie speelde de club tot nu toe 35 seizoenen. In het seizoen 1995/1996 werd Hércules CF kampioen in deze divisie, waardoor de club promoveerde naar het hoogste niveau. Daarna zakte Hércules CF echter weer af naar lagere divisies. Vanaf het seizoen 2005/2006 speelde de club uit Alicante weer in de Segunda División A. In 2010 promoveerde Hércules CF als nummer twee van de Segunda A naar de Primera División, maar de terugkeer was van korte duur aangezien op het einde van het seizoen de ploeg op de twintigste en laatste plaats eindigde. Na een tweede degradatie in vier jaren speelde de club sinds 2014 terug in de Segunda División B. Na het tussenseizoen 2020-2021 kwam de ploeg zelfs in de Segunda División RFEF, oftewel het vierde niveau van het Spaans voetbal terecht.
.jpg)
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}
